В 492 г. до н. э. персы вторгаются во Фракию. разразившаяся буря разметала флот, поддерживавший продвижение сухопутных войск. Персидский полководец Мардоний после этого вернулся назад.
В 491 г. до н.э. в эллинские государства были отправлены посольства с требованием “земли и воды”. Многие полисы приняли их, Афины и Спарта казнили персидских послов. В 490 г., погрузившись на корабли, персы отплывают к берегам Греции. Вместе с персидской армией ехал престарелый тиран Гиппий. Персы надеялись выманить афинскую армию из города, где в это время впасть должны были захватить сторонники тирана. Целью похода являлась месть Афинам и Спарте, казнившим послов. Нависшая опасность заставила афинян обратиться за помощью к Спарте. Ополчение афинян (11 тыс. человек), а которое входил небольшой отряд из беотийского города Платеи, подошло к Марафону, где сосредоточилась персидская армия. Одним из стратегов, возглавлявших греческое войско, стал бывший правитель Херсонеса Фракийского Мильтиад, вернувшийся после подавления восстания на землю своих предков. Ему удалось убедить своих коллег, занявших выжидательную позицию, начать военные действия в неблагоприятное для противника время. Персы, узнав о подходе к Аттике спартанцев, начали грузить конницу на корабли, чтобы успеть до их прихода захватить Афины, где не осталось никого, кто мог бы носить оружие. Военный талант Мильтиада, знакомого с тактикой персов (почему его и избрали стратегом), храбрость защитников стали основой победы греков 12 сентября 490 г. на Марафонском поле, удаленном ст афинской агоры на расстояние 42 км 192м. (В честь гонца, принесшего эту весть в Афины, в последующем была установлена Марафонская дистанция для бегунов.) Афиняне потеряли в битве, как свидетельствует Геродот, 192 гоплита, персы — около 6,5 тыс.
Битва при Марафоне разрушила легенду о непобедимости персидской армии, она показала и то, что отражение опасности потребует от эллинов значительных усилий. Но и персам стало ясно, что подчинить греков очень трудно. Противники начинают подготовку к будущим битвам.